大家終于扳倒了熊廷弼，大受鼓舞，覺得應(yīng)該再接再厲，御史鄭宗周認(rèn)為對崔文升處罰太輕，應(yīng)該將他誅殺，并參首輔方從哲包庇崔文升，要他立刻退出內(nèi)閣。
　　然后刑部給事中魏應(yīng)嘉參方從哲，認(rèn)為在遼東邊事上內(nèi)閣的應(yīng)對沒有一次切中要害，所做決定混亂并無作用，另有崔文升李可灼處罰太輕，責(zé)任都在方從哲身上，應(yīng)該將方從哲罷掉。
　　看著象菜市場一樣的朝堂，朱由校只有苦笑。但方從哲他是準(zhǔn)備保的，因?yàn)楣羲亩际钦f崔文升和李可灼的事，而這事他都是親歷了的，責(zé)任并不在方從哲身上，所以所有的奏折都是留中不發(fā)，讓他們先吵著。
　　朱由?；氐胶髮m里，接到了駱?biāo)脊扇怂蛠淼牟牧?，錦衣衛(wèi)買通了張國紀(jì)家的一個仆婦，聲稱家中有事而讓錦衣衛(wèi)里的一個女諜代她進(jìn)張府做事，所以張府舉動盡在錦衣衛(wèi)掌握之中。材料上對每個人的情況都有描述，其中張嫣的是：“郁郁寡歡，長期不發(fā)一言?！敝煊尚＝淮?biāo)脊蓙淼娜?，重點(diǎn)查探此女情況，愈詳細(xì)愈好，并注意保護(hù)此女安全。
　　孫傳庭接旨后于九月二十六回到京師。到了京師，先到兵部報到，剛剛辦好，宣他進(jìn)宮的旨意已經(jīng)到了。
　　孫傳庭二十七八歲很精干的樣子，見過禮后，朱由校賜座。然后說道：“朕聽聞孫卿任職以來，辦事雷厲風(fēng)行，行事得體。今日想聽一聽孫卿對我大明官兵有何看法?！?br/>　　“陛下，臣剛到兵部，不敢妄言?！?br/>　　“姑妄言之，朕且聽之，我大明不以言罪人，孫卿盡管暢所欲言，無須顧忌太多?！?br/>　　“那微臣就斗膽妄言了。我大明官軍，其弊有三，一者訓(xùn)練太少，二者軍餉不足，三者軍中老弱多而青壯少。此三弊其實(shí)歸結(jié)一起，不過是一個錢字。朝廷軍餉其實(shí)是給了的，只是不知道進(jìn)了哪些人的口袋。軍戶常淪為官吏豪強(qiáng)的奴隸，根本沒有多少戰(zhàn)力?！逼鋵?shí)以文御武也是一大弊病甚至是最大的弊病，但是他是文臣，巴不得如此，當(dāng)然不會說。
　　“孫卿所言有理，朕欲整頓京營，不知孫卿可否助朕將京營打制成可戰(zhàn)之兵？”
　　天大的機(jī)會擺在面前，孫傳庭當(dāng)然會死死地抓?。骸霸笧楸菹滦?。”
　　“好，卿且起來，朕任命卿為欽差京營清理大臣，賜你尚方劍，殺該殺之人，還朕一個干干凈凈，敢戰(zhàn)能戰(zhàn)的京營。”
　　“清退無用之兵將，厘清軍餉之脈絡(luò)，現(xiàn)有京營魯游擊，周把總，是可信之人，能助你了解京營情況，你們先商量著，好生準(zhǔn)備，明天朕就下旨了?！?br/>　　九月二十七，皇帝下旨，兵部職方司郎中孫傳庭任欽差京營清理大臣，賜尚方劍。這個欽差大家從來沒聽說過，不過既然是文官辦理武事，而且是從內(nèi)官手里搶的，文官們當(dāng)然是樂觀其成。
　　孫傳庭并沒有直接去京營。他先向魯欽和周遇吉了解了一些基本情況。九月二十八，他進(jìn)了京營，敲響了聚將鼓，鼓聲將盡，大堂之中，眾將分列兩旁，孫傳庭高坐于案前，手里拿著一封案卷，對著隊首二人道：“李總督，王協(xié)理，眾將可曾到齊？”