在完成部隊(duì)組建之后，最重要的就是明旗幟，確定各個(gè)部隊(duì)的標(biāo)識(shí)。
　　與現(xiàn)代軍隊(duì)不同，當(dāng)代多在同一軍旗之下上述部隊(duì)番號(hào)以確定軍隊(duì)旗幟，通過(guò)不同旗幟確定軍隊(duì)編制，以利于戰(zhàn)場(chǎng)識(shí)別。
　　戚繼光《練兵紀(jì)實(shí)》在選編部隊(duì)之后，最初明確的就是旗號(hào)，以戚家軍為例，按照營(yíng)（相當(dāng)于現(xiàn)代一個(gè)旅）、部（相當(dāng)于團(tuán)）、司不同，分別用黃紅青黑白五種不同顏色來(lái)代替，只不過(guò)對(duì)應(yīng)的參照物則分別為旗心、旗邊、旗帶來(lái)代替，再在上面上書(shū)所部番號(hào)。
　　如中軍中部中司為黃心、黃邊、黃帶，那黃心就代表該營(yíng)（編制相當(dāng)于旅，但只有三千人，比旅少）為黃色，黃邊代表該部（編制相當(dāng)于團(tuán)，但只有千人，比團(tuán)少）黃色，黃帶代表該司（編制相當(dāng)于現(xiàn)代營(yíng)，約五百人，與營(yíng)相當(dāng)）為黃色。
　　在同部不同司，代表營(yíng)（旅）的黃心、代表部（團(tuán)）的黃邊相同，再通過(guò)不同飄帶代表不同司的顏色，如此類推中軍中部前司，其旗幟顏色當(dāng)為黃心黃邊不同顏色的綬帶以區(qū)分司的不同。
　　除了用顏色不同來(lái)區(qū)分部隊(duì)編制之外，更用不同大小高度旗幟區(qū)分將領(lǐng)，在《練兵紀(jì)實(shí)》規(guī)定營(yíng)將（旅）旗幟長(zhǎng)六尺，放在一根長(zhǎng)約一丈五尺的旗桿上。
　　千總旗幟長(zhǎng)四尺，放在一根長(zhǎng)約一丈二尺的旗桿上。
　　把總旗幟長(zhǎng)約三尺，放在一根長(zhǎng)約一丈一尺的旗幟上。
　　這是營(yíng)（旅）部（團(tuán)）司（營(yíng)）的旗幟區(qū)分，對(duì)司（營(yíng)）以下，則完全不同。
　　百總（連）有旗一面，身方二尺，掛在九尺高的旗桿上，其旗心旗邊旗帶分別對(duì)應(yīng)所在部隊(duì)的營(yíng)（旅）部（團(tuán)）司（營(yíng)），而通過(guò)上面字體區(qū)分不同局（百總），如振勇、振武、威勇、武勇代表不同局（相當(dāng)于現(xiàn)代連）。
　　在局（連）以下，旗總（排長(zhǎng)）背一面二尺五寸長(zhǎng)旗幟，插在三寸的旗桿上，上面書(shū)寫(xiě)所在哨旗
　　而隊(duì)總（班長(zhǎng)）則通過(guò)頭盔上盔旗進(jìn)行區(qū)分，上面也書(shū)寫(xiě)所在哨旗。
　　這是古代軍隊(duì)區(qū)分方法，現(xiàn)在里兵由過(guò)去一局（連）擴(kuò)編為一司（營(yíng)），兵馬增多，很多人不熟悉，為了加強(qiáng)軍隊(duì)需要明確旗幟，以進(jìn)行區(qū)分。
　　在大明以紅色為尊，再加上前世個(gè)人對(duì)旗幟感情，楊麟將紅色定為自己主將旗幟，在上面繡上紅色的鐮刀鐵錘以代表里兵最主要依靠力量為農(nóng)民與工匠，再繡上紅色飄帶，通過(guò)黃旗黃色鐮刀鐵錘與黃帶代表所在司。
　　各局（大隊(duì)，相當(dāng)于連）則不同書(shū)寫(xiě)字體顏色代替，如楊麟親率的神槍大隊(duì)則上書(shū)紅色的神槍大隊(duì)，楊威的強(qiáng)弓大隊(duì)則上書(shū)黃色的強(qiáng)弓大隊(duì)，龍之幀的勁弩大隊(duì)則上書(shū)藍(lán)色勁弩大隊(duì)，以區(qū)分不同局（大隊(duì)）。
　　局以下中隊(duì)長(zhǎng)與過(guò)去旗總一樣，需要背一面小旗作戰(zhàn)，小旗上面旗心顏色、旗邊顏色、字體顏色與大隊(duì)相同，與其他中隊(duì)最大不同就是旗幟顏色，如第一中隊(duì)為紅色，第二中隊(duì)黃色，第三中隊(duì)藍(lán)色。
　　小隊(duì)長(zhǎng)與過(guò)去小旗一樣，通過(guò)盔旗識(shí)別，如第一中隊(duì)第一小隊(duì)，則為紅底紅邊紅帶，第一中隊(duì)第二小隊(duì)則為紅底黃邊黃帶，第一中隊(duì)第三小隊(duì)則為紅底藍(lán)邊藍(lán)帶。
　　除此以外，還對(duì)兵丁進(jìn)行識(shí)別，所有兵丁都在號(hào)衣左胸上繡所在部隊(duì)番號(hào)，如第一神槍局，第二強(qiáng)弓局，第三勁弩局。
　　兵丁頭盔通過(guò)繡帶識(shí)別，繡帶顏色與小隊(duì)長(zhǎng)（小旗）顏色一致，如小隊(duì)長(zhǎng)盔旗為紅底藍(lán)邊藍(lán)帶，那么頭盔上繡帶就以紅為主，雜著少量藍(lán)色飄帶。