“小姑娘希達(dá)是傳說中‘天空之城拉普達(dá)’王族的后裔，那曾是超越地上文明不知幾千年的空中文明，但不知為何，希達(dá)的祖先離開‘天空之城’，拋棄發(fā)達(dá)的科技，在地面上過起隱居的生活。
　　而有一天，希達(dá)所坐的軍隊飛行船遭到空中海盜的襲擊。
　　爭斗中，希達(dá)從萬米高空的飛行船上跌落下來……
　　少年巴魯是礦工機(jī)師的學(xué)徒，這一天收工時，發(fā)現(xiàn)天上有個亮晶晶的東西正在慢慢地下落。
　　是什么？ufo？他飛也似的跑過去，發(fā)現(xiàn)是一個好可愛的女孩子，在一團(tuán)藍(lán)光的包圍下從天上飄下來了……
　　第二天，希達(dá)在巴魯?shù)姆块g里醒來，發(fā)現(xiàn)房里有一張“天空之城拉普達(dá)”的照片，這是巴魯?shù)母赣H冒著生命的危險歷盡艱險才拍到的真正的天空之城，但除了巴魯之外，沒有人相信他，于是父親在郁郁寡歡中去世了，巴魯發(fā)誓，一定要向他人證實，世上真的有天空之城存在！
　　之后沒過多久，嗅覺靈敏的海盜就找上門來了。
　　在無盡的追捕與逃跑中，二人在眾目睽睽之下掉入萬丈深的礦井，而希達(dá)戴的飛行石又一次發(fā)光，令他二人安全落地。
　　礦井中，飛行石和井下的礦石發(fā)生共鳴，原來這里曾是開采飛行石原料的地方，但提煉飛行石的技術(shù)，傳說只有拉普達(dá)人才掌握著。
　　二人剛出礦井，就再次被軍隊的人抓住了，希達(dá)被帶往要塞，在那里，一個叫穆斯卡的人給希達(dá)看了一個巨大的機(jī)器人，說是從天空之城掉下來的，憑當(dāng)時的科技無法令它再啟動。
　　當(dāng)天晚上，希達(dá)念起祖輩所流傳的尋求幫助的咒語，飛行石發(fā)出光茫，令機(jī)器人再次活起來，整個要塞變成火的海洋。
　　巴魯趁亂和海盜達(dá)成聯(lián)盟飛入要塞救出了希達(dá)，匆忙中希達(dá)丟失了飛行石，而穆斯卡得到了寶石，命軍隊按照寶石上圣光的指引，飛向天空之城。
　　另一方，海盜媽媽朵拉從希達(dá)的記述中算出了天空之城的方位，帶著希達(dá)二人乘海盜飛艇全速前進(jìn)！
　　即將到達(dá)之時，忽然前方出現(xiàn)龍卷風(fēng)，和穆斯卡的艦艇又狹路相逢，交戰(zhàn)中巴魯和希達(dá)的滑翔機(jī)被卷入龍卷風(fēng)里。
　　這里是被上帝拋棄的領(lǐng)域，自然的恐怖與眾神的憤怒在這里集結(jié)，飛越濃重的黑暗，在縱橫飛嘯的電光中，穿過閃電的回廊，突破生與死的界限，命運之門再次敞開在少年的面前……
　　龍卷風(fēng)的中心，正是傳說中的飛島“天空之城拉普達(dá)”！這里是寂靜的天堂，只有機(jī)器人值守的空中都市，植物和遠(yuǎn)古生物的家園。
　　穆斯卡抓住了海盜們，也來到了拉普達(dá)，他迫使希達(dá)和他一起進(jìn)入中央控制室，啟動黑石碑上的文字，即將開始他稱霸世界的野心。
　　希達(dá)搶回飛行石，為了阻止穆斯卡，她和巴魯一起念起毀滅一切的咒語：巴魯斯。
　　拉普達(dá)解體，邪惡和助紂為虐的武器系統(tǒng)一同化為大氣層的火球墜入海中，而使拉普達(dá)漂在空中的巨大飛行石結(jié)晶載著拉普達(dá)的生命之樹，上升到天空的盡頭……”