朱翊鈞開始主政時，對運河的管理重視程度不是很夠。他畢竟不是經濟學家，以前也沒研究過運河歷史，因此心中對運河在帝國治政方面的地位認識高度沒有張居正、王國光等人高。
　　
　　到了萬歷三年，朱翊鈞對運河的認識高度終于和張居正拉平。主要原因為兩年來張居正等閣臣對運河管理的極度重視，凡有總漕奏章，張居正必然長篇累牘的分析利弊，往往還要請見，潛移默化改變了朱翊鈞的想法。
　　
　　張居正多次對朱翊鈞指出，因為京師為帝國核心，軍、民人口稠密，華北平原的產出不足以供養(yǎng)，因此江南轉的運糧米成了帝國命脈所系。
　　
　　有一天張居正再次請示漕運事的時候，對朱翊鈞形容漕糧的重要性時說道：“一日不得則饑，三日不得則不知其所為命?！边@句話讓朱翊鈞深感悚懼。
　　
　　后世之人生活在物資極度豐富的年代，對物資緊缺缺乏感性認識。朱翊鈞穿越到皇帝身上后，生活中的一些不便利的地方，包括后世的一些享用，都一一命張宏、張鯨等人予以解決。
　　
　　朱翊鈞對生活品質要求較高，例如衛(wèi)浴設施、日常生活用品的開發(fā)使用等事，這兩年已經逐漸從宮中向外擴散。除了家用電器朱翊鈞暫時沒辦法外，其余的享受和后世沒有太大差異。
　　
　　正因如此且穿越到皇帝身上，朱翊鈞對民間的生活狀況了解的并不是太多。
　　
　　各地情報和銀章直奏所述民間困苦情狀，文字高度概括，例如“人廬漂浮過萬”或“大饑，餓殍滿地”之類，并無細節(jié)描述。朱翊鈞當時看這些奏章，像是在看歷史文獻似的，并無切膚之感。
　　
　　但是張居正當日向他所說“三日不得則不知其所為命”時那恐懼的眼神，嚴肅的神情，讓朱翊鈞猛然發(fā)覺，盡管在這個世界已經生活了兩年，自己與這個世界卻一直是疏離的。
　　
　　這種感覺很荒謬，又很真實，像是一把匕首劃開了朱翊鈞穿越以來一直包覆著全身的軟膜一般，使他第一次產生了與這個世界產生了血肉聯(lián)系之感。
　　
　　這種感覺在那日后，變得越來越清晰，體現(xiàn)在日常和兩宮、幼弟、妹妹等家人的聯(lián)系之間，體現(xiàn)在他與孫乾、魏朝等人一起生活的點滴之處，越來越把他同化、同感，使之與本時空的大明越發(fā)的共情、共鳴。
　　
　　這時候的朱翊鈞，回首再看兩年來的施政，諸多孟浪之處一一浮現(xiàn)。
　　
　　朱翊鈞反思自己，兩年來嘴上說著惕勵親民，但早就和人民群眾之間斷了血肉聯(lián)系，自己身上的本就不多的“黨性”早已千瘡百孔。
　　
　　又反思自己，兩年來對待政事，如同在打游戲通關一樣，隨意的擺布著這個世界，卻忽略了自己每一道命令，都涉及著千萬人生死存亡?！绻麜r間回撥到兩年前，很多事情處理的會好很多。
　　
　　把這種心境與剛穿越來那天經筵時被權力迷醉時相比，朱翊鈞覺得自己進階了。他對皇帝的身份認同感越來越強，而對自己身上擔負著的使命與責任，認識也越來越深刻。
　　
　　以這種心態(tài)來看漕運，朱翊鈞終于體會到了，這條大運河的每一次變革，都關乎運河兩岸數(shù)以百萬計的生民身家性命。
　　
　　若不能妥善處理化解矛盾，如同改革鹽政那般隨意興革，不知多少人將家破人亡。因此，他很慎重的先祭出法寶：調查研究。
　　
　　隨著一件件調研報告的反饋，到了萬歷三年六月份，朱翊鈞終于構建出京杭運河的整體印象。
　　
　　總漕和中央、地方之間的關系，運河上下的階層分布、賴以為生的人群結構，運河和各大水系之間的有機聯(lián)系，朝廷現(xiàn)在的漕運體制有何種弊端，都事無巨細的勾勒出來，并最終讓他——一個與眾不同的皇帝，找出了解決問題的答案。
　　
　　心里有了底，下一步就是統(tǒng)一思想。朱翊鈞正盤算時，屢敗屢戰(zhàn)的王宗沐于八月中再次建議朝廷，欲行海漕。
　　
　　這下子可捅了馬蜂窩，伴隨著暴風驟雨般的彈章，王宗沐這個總漕位子開始搖搖欲墜。朱翊鈞連續(xù)在各種場合放風，下毛毛雨，保著王宗沐。同時下旨戶部，令其提出對再行海漕的意見。
　　
　　八月三十，戶部奏章送六科備案后報內閣，侍從室又將之列為朱翊鈞詳看之章。朱翊鈞見其內容為：