因朱翊鈞時(shí)間有限，因此內(nèi)廷行走大臣陳矩從侍從室選出數(shù)人，按照朱翊鈞的意見，配合張鯨等起草、制定規(guī)章制度。
　　
　　此次整改，將內(nèi)府工商集團(tuán)自上而下作出興革。首先在侍從室設(shè)立計(jì)財(cái)處，專門為皇帝理財(cái)。計(jì)財(cái)處內(nèi)設(shè)人事科、資產(chǎn)管理科、運(yùn)營科、監(jiān)察科、綜合機(jī)要科，共有一百六十人。
　　
　　整個(gè)計(jì)財(cái)處由張鯨掌總，類似于后世的國資委，但是比國資委權(quán)責(zé)小得多，只負(fù)責(zé)全國的皇廠、鹽場、皇店等皇家產(chǎn)業(yè)。
　　
　　明確管理機(jī)構(gòu)以后，朱翊鈞將整個(gè)集團(tuán)拆分，成立鋼鐵管理集團(tuán)，下轄所有鋼鐵廠；成立玻璃總廠，下設(shè)分廠等等。
　　
　　這些分廠全部建立健全獨(dú)立自負(fù)盈虧的財(cái)務(wù)制度，按照計(jì)財(cái)處的統(tǒng)一規(guī)劃調(diào)整生產(chǎn)。同時(shí)加強(qiáng)計(jì)財(cái)處監(jiān)察力量，強(qiáng)化財(cái)務(wù)和反腐敗監(jiān)督。
　　
　　朱翊鈞殫精竭慮，將后世公司的管理手段盡可能的因地制宜，放在大明朝使用。由于本時(shí)空此際無法做到長距離的信息溝通，因此除了設(shè)立分廠之外，還將設(shè)置在各采礦、收集物資等處的原料提供方也進(jìn)行分離，財(cái)務(wù)獨(dú)立后，試行自由競爭。
　　
　　朱翊鈞深知，即使在二十一世紀(jì)，大國企的績效和民營比起來也無法競爭。因此，他還是將大部分精力投入到技術(shù)升級之上，現(xiàn)階段，只能用領(lǐng)先幾步的技術(shù)手段來引領(lǐng)萬歷朝的工業(yè)化。
　　
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　　除了厘清現(xiàn)有的皇廠皇店體系，朱翊鈞另外對武器生產(chǎn)也投注大量精力。
　　
　　萬歷四年春天立下?lián)魷缍d子首功的，還不是咬住了董禿子主力的女真騎兵隊(duì)，而是一千二百裝備了前裝燧發(fā)滑膛槍的薊鎮(zhèn)龍騎兵。經(jīng)過三年多的努力，包括紙殼定裝藥在內(nèi)的鳥銃升級版終于定型生產(chǎn)，第一批產(chǎn)品就交給了薊鎮(zhèn)。
　　
　　明代的火器在宋、元發(fā)展的基礎(chǔ)上，躍升了一個(gè)大臺階?；旧虾臀鞣奖３滞冗M(jìn)步速度。隆慶年間，火器已居明軍裝備之半數(shù)。戚繼光的部隊(duì)，火器配比達(dá)到了驚人的六成半。
　　
　　而且以神機(jī)營為代表的火器部隊(duì)，標(biāo)志著整個(gè)明軍的戰(zhàn)略、戰(zhàn)術(shù)都圍繞著火器展開了變革。而戚繼光所言“有精兵而無精器助之，是為徒強(qiáng)”以及他對火器的高度重視，開發(fā)出來的各類戰(zhàn)法，都說明此際的中國和西方國家相比，火器的發(fā)展并未落后，甚至可以說并駕齊驅(qū)。
　　
　　但因?yàn)闆]有理論指導(dǎo)，明代火器的發(fā)展也呈現(xiàn)百花齊放，威力不足的特點(diǎn)。
　　
　　朱翊鈞穿越過來以后，很快指出了火器發(fā)展的問題，將三眼銃、一窩蜂、噴火箭等火器制造一律裁撤，以鳥銃為本，專攻火藥制取、銃管材質(zhì)、定裝火藥、燧發(fā)、后裝等方向。
　　
　　關(guān)于大炮的改進(jìn)方向，朱翊鈞指導(dǎo)兵仗局，從火炮用藥、炮子和炮管材質(zhì)以及氣密性上下功夫，總而言之和鳥銃一樣，必須射擊更遠(yuǎn)、裝彈更快，威力更強(qiáng)。
　　
　　至于擲彈兵方向，朱翊鈞指導(dǎo)工匠利用石油粗加工產(chǎn)品生產(chǎn)火油瓶和鑄鐵手榴彈兩種產(chǎn)品，一種用來放火，一種爆炸傷敵——這兩種技術(shù)水平很低，最先完成改進(jìn)。
　　
　　經(jīng)過三年的努力，由于火藥制取和鋼鐵冶煉方面終于取得長足進(jìn)步，加上朱翊鈞長期堅(jiān)持重賞能工巧匠，激發(fā)了明代工匠的創(chuàng)新熱情——萬歷三年，新版鳥銃“萬歷十四型”終于定型生產(chǎn)。
　　
　　該槍在發(fā)火方式上，改進(jìn)了已經(jīng)裝備明軍的自生火銃，與自生火銃不同的是，加入待發(fā)機(jī)構(gòu)，使其更加可靠。另外，為了盡量做到防雨，又加裝了龍頭蓋，可將燧石至于蓋下——僅能防小雨。