楊廣派去調查的人并沒有搜羅到任何魚俱羅要造反的證據(jù)，不過楊廣并沒有為此放心，因為魚俱羅相貌異于常人，兩眼各有兩個瞳孔，這是帝王之相，所以楊廣一直都對魚俱羅懷有猜忌之心。
　　于是楊廣直接下詔罷免魚俱羅的官職，將他抓到洛陽，讓大理寺司直梁敬真審問。
　　梁敬真也是位能揣摩上意的人，不然楊廣也不會點名讓他辦理這件案子了，他立即給魚俱羅安上了幾條罪名，結案上報。
　　于是，魚俱羅這位隋朝的一代名將，沒有死在戰(zhàn)場上，被斬殺在洛陽街市之中，不多的家財被沒收了，妻兒也在幾天后被處死。
　　直到大業(yè)十年，楊廣開始北上涿郡的時候，他又下詔招吐萬緒前去聽令，吐萬緒覺得自己這一去便會步魚俱羅的后塵，所以憂懼郁憤，走到半路的時候便去世了。
　　劉元進在得知自己的兩大宿敵雙雙身死之后，大喊天要亡隋，之后領兵四處出擊，江南之地于是再次震動，就連楊廣最喜的江都也陷入不安。
　　于是楊廣只好讓江都郡丞王世充征發(fā)淮南兵四萬，討伐劉元進。
　　王世充，字行滿，本姓支，是西域的胡人，祖父支頹時遷居到了新豐，但年紀輕輕就死了，留下年輕的嬌妻與幼子支收，后來支頹嬌妻與儀同王粲野合，并生下一子王瓊，因此王粲納之為小妻，支收也隨母到了王家，因而改姓王。
　　王粲對王支視若親子，盡心教育，王支因而能在成人后步入官場，在隋文帝時官至懷、汴二州長史。
　　因而，王世充也算是長于官宦之家，從小喜看書傳，其中尤好兵書，后以軍功拜為兵部員外郎，累遷至江都郡丞，又以郡丞兼任江都宮監(jiān)。
　　江都是楊廣最喜歡待的地方，自從他登基后，每年都要巡幸江都，少則待一兩個月，多則超過半年，王世充在這期間，利用職務之便，對楊廣阿諛奉旨，極力巴結，因而很得楊廣信任。
　　王世充在得到楊廣詔令后，立即率軍渡江，多次與劉元進交戰(zhàn)，劉元進以為他王世充并沒有打仗的本事，所以對他很輕視。
　　然而，劉元進很快便為他的這種想法付出了沉重的代價，他們兩軍自從大業(yè)十年三月份開始交戰(zhàn)以來，劉元進便屢次被王世充打得大敗。
　　王世充在與劉元進硬碰硬的交鋒的同時，還派人四處散播朝廷不再加重勞役、不再讓江南兵征遼等信息，這使得投奔劉元進的人越來越少，劉元進再也不能像以前那樣即使戰(zhàn)敗，仍能一呼百應。
　　最后，劉元進、朱燮等人在吳縣再一次被王世充大敗，并且全部戰(zhàn)死在了戰(zhàn)場，其余的部眾或是投降或是潰散，為時半年有余的叛亂終于被平定。
　　王世充召來先投降的人在通玄寺的佛象前焚香為誓，約定降者不殺。
　　劉元進潰散部眾開始想入海為盜，聽到這個消息，一個月內，基本都投降了王世充，但王世充最后卻把這些人全都坑殺在黃亭澗，死者達三萬余人。
　　因此，其余的人又相聚為盜，官軍無法討伐，直至隋朝滅亡。