與林云的靜修不同，大漢的國土上戰(zhàn)爭成了主題。
　　黃巾起義不過一個月，全國七州二十八郡都發(fā)生戰(zhàn)事，黃巾軍勢如破竹，州郡失守、吏士逃亡，震動京都。
　　這要是沒有幕后黑手在推動，打死林云都是不信的。
　　漢靈帝見太平道如此厲害，有些慌了。
　　不過聽聞有一仙人降世，獻策于漢靈帝。
　　于是在3月以何進為大將軍，率左右羽林五營士屯于都亭，整點武器，鎮(zhèn)守京師；又自函谷關、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等各京都關口，設置都尉駐防；下詔各地嚴防，命各州郡準備作戰(zhàn)、訓練士兵、整點武器、召集義軍。
　　而皇甫嵩不知得了哪方高人的計謀，也是上諫要求解除黨禁，拿出皇宮錢財及西園良馬贈給軍士，提升士氣。
　　另一方面又發(fā)精兵鎮(zhèn)壓各地亂事：盧植領副將宗員率北軍五校士負責北方戰(zhàn)線，與張角主力周旋。
　　皇甫嵩及朱儁各領一軍，控制五校、三河騎士及剛募來的精兵勇士共四萬多人，討伐潁川一帶的黃巾軍，朱儁又上表招募下邳的孫堅為佐軍司馬，帶同鄉(xiāng)里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出發(fā)與朱儁軍連軍。
　　而后張曼成攻殺南陽郡守褚貢，響應張角。
　　那降臨大漢的仙人似乎并沒有預料到局勢的變化。
　　漢軍在首戰(zhàn)并未得利，于4月，朱儁軍就被黃巾波才所敗而撤退，皇甫嵩唯有與他一起進駐長社防守，被波才率大軍圍城，漢軍人少，士氣低落。
　　又有那汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勛及太守劉衛(wèi)，黃巾軍并未因漢室的動作而有敗退的跡象。
　　林云見時機成熟，化名林景，作為一位游方道人，加入了曹老板的陣營。
　　5月，京師見皇甫嵩被圍，派曹操率軍救援，林云隨軍出征。
　　大軍距離皇甫嵩被困之地還有很遠距離時，林云已然先一步到達。
　　林云與皇甫嵩商議后定下一計，火攻！
　　在傍晚時，林云動用太平經(jīng)中記載的呼風之術吹起大風，而皇甫嵩則命士兵手持火把暗暗出城。
　　士兵們利用黃巾軍營寨周圍的雜草，用火攻大破敵人，大呼進攻，城上亦舉出火把響應。
　　皇甫嵩更是以鼓助戰(zhàn)，沖入敵陣，黃巾軍大亂，四處奔走。
　　又遇上提前被林云告知的曹操援軍，于是乎這支黃巾軍被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夾擊，斬殺數(shù)萬人，漢軍大勝。
　　6月，南陽太守秦頡與張曼成戰(zhàn)斗，后斬殺了張曼成。
　　黃巾軍便改以趙弘為帥，以十多萬人占據(jù)宛城。
　　而皇甫嵩與朱儁軍繼續(xù)進擊汝南、陳國的黃巾，追擊波才到陽翟，最后在西華大敗彭脫，余軍想逃到宛城。
　　但曹操登城先入，眾人蟻附般推進，大破敵軍，成功討平豫州一帶的黃巾軍。
　　其實這里原來是孫堅的功勞，不過林云先一步建議曹老板出手，又多了些戰(zhàn)功。
　　另一方面，盧植數(shù)戰(zhàn)間大破張角，斬殺萬多人。
　　張角唯有撤到廣宗，盧植建筑攔擋、挖掘壕溝，制造云梯，將可攻下城池。
　　正值靈帝派左豐視察軍情，有人勸盧植賄賂左豐，但盧植不肯，左豐便向靈帝誣告盧植作戰(zhàn)不力。
　　靈帝大怒，用囚車征盧植回京。
　　京師唯有下詔再重新調(diào)整：皇甫嵩北上東郡；朱雋則攻南陽的趙弘；而以董卓代替盧植。
　　而同樣宗教形式的五斗米道在巴郡開始流行，領導人“五斗米師”張修占領了一些郡縣，但未受到漢室重視，聽說是被那位仙人壓下來了。
　　朱儁與荊州刺史徐璆及秦頡共一萬八千兵圍攻趙弘，但6月至8月也不能攻克，京師有奏議征朱雋回師，幸而張溫上表說情，靈帝才放棄了。
　　但朱儁仍急攻趙弘，趙弘被殺，由韓忠代替。朱儁又因兵少不敵，便擴大防圍、建筑陣壘，堆砌土山觀望城內(nèi)。朱儁軍鳴鼓攻打西南，黃巾軍被引開，朱儁則親率五千精兵掩殺東北，偷襲敵人后方，攻入城池，韓忠唯有退保內(nèi)城。
　　黃巾軍受挫，士氣低迷，向漢軍乞降。
　　張超、徐璆和秦頡都認為可以接受，但朱儁認為如接受的話，會給百姓有利為賊，無利乞降的錯誤觀念，便不接受并急攻敵軍，可是數(shù)戰(zhàn)也不能攻克，朱儁登上土山觀望黃巾軍，明白黃巾軍沒有退路，而盡力一戰(zhàn)，所以未能攻克。
　　朱儁便解開圍軍，韓忠果然出戰(zhàn)，被朱儁大破，朱儁向北追擊韓忠數(shù)十里，斬殺萬多人，韓忠投降，秦頡一向與韓忠不和，便將他殺死。