待眾將返回晉陽后，劉琦拉著田豐荀彧沮授為趙云、典韋主持了婚事。完了又幫著張遼、太史慈、高順、徐晃等人張羅媳婦兒。張遼本就是雁門人氏，家中已定親，只待擇日回去完婚便可。哪知想睡覺就有人送上枕頭，無極甄堯親自帶來消息欲將三妹甄道、四妹甄榮許配給劉琦手下將領(lǐng)為妻。劉琦將甄道許于高順，甄榮許給了太史慈，徐晃卻推說自己還小，過幾年再說。太史慈倒是高高興興接受了，至于高順，反正老是一本正經(jīng)、不茍言笑，劉琦也不管他了，以軍令壓之，不得不從。次月，郭嘉與趙雨完婚，從此告別放浪不羈的浪子生涯。
　　初平二年，董卓回到長安后，威福更盛，盜用天子車服，并命尚書以下眾官有子皆至其相府稟報(bào)。又以其弟董文為左將軍，從子董璜為侍中、中軍校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中嬰兒皆得封，男皆封侯，女為邑君。于長安筑郿塢，高、厚各七丈，其中積糧可用三十年。董卓又殘暴好殺，諸將稍有言語差失，立即處死，又以叛逆之名，大殺關(guān)中舊族。其倒行逆施引起朝臣強(qiáng)烈不滿。司徒王允、司隸校尉黃碗、尚書楊瓚等密謀殺掉董卓，董卓自知為人所怨，出入常以驍勇過人的中郎將呂布作護(hù)衛(wèi)。王允用連環(huán)計(jì)挑撥呂布與董卓關(guān)系，等時(shí)機(jī)來到，遂勸諭呂布?xì)⒍?，為天下除害。初平三年四月，獻(xiàn)帝大病初愈，眾臣朝會(huì)于未央殿。董卓乘車而入，以兵護(hù)衛(wèi)道旁，并使呂布隨車衛(wèi)護(hù)。王允命尚書仆射士孫瑞寫誅卓詔書交付呂布。呂布令同鄉(xiāng)騎都尉李肅帶勇士十余人扮作衛(wèi)士埋伏于朝門內(nèi)，董卓入，李肅一戟將其刺倒，呂布隨即將董卓刺死。董卓一死，長安兵民百姓相慶于道，衛(wèi)士皆呼萬歲，盡誅董氏宗族。于是，朝廷以王允錄尚書事，以呂布為奮威將軍、假節(jié)，儀比三司。共秉朝政。
　　同月，青州黃巾軍百余萬人向兗州進(jìn)擊，攻下任城，殺任城相鄭遂。兗州刺史劉岱以黃巾軍乃烏合之眾，盲目自大，親自率兵鎮(zhèn)壓。誰知在東平附近，兩軍相遇游戰(zhàn)，劉岱兵敗被斬。黃巾軍向壽張一帶移動(dòng)，青州黃巾在兗州的順利發(fā)展，使兗州的官吏士人極為恐慌，加上刺史劉岱被殺，州中無人主事，兗州上下一片慌亂。
　　這時(shí)東郡太守曹操的部下荀攸勸說兗州治中、別駕等迎曹操入主兗州，與曹操素相友善的濟(jì)北相鮑信也極力推薦曹操。于是兗州治中萬潛與鮑信親至東郡迎接曹操出任兗州牧。曹操進(jìn)入兗州后，立即與鮑信聯(lián)軍堵?lián)羟嘀蔹S巾于壽東郊，兩軍展開激戰(zhàn)，黃巾軍久經(jīng)戰(zhàn)陣，兵皆精悍，陣斬鮑信，曹操身先士卒，激勵(lì)將士，經(jīng)過晝夜激戰(zhàn)，終于將青州黃巾趕出奉張。同時(shí)，朝廷聞知?jiǎng)⑨窇?zhàn)死，以京兆尹金尚為兗州刺史。曹操于途中迎擊金尚，金尚逃奔袁術(shù)。于是曹操占兗州。
　　董卓對(duì)蔡邕有知遇之恩，蔡邕在王主持的會(huì)議上對(duì)董卓之死表示悲痛，被王允指責(zé)為“天誅有罪而反相傷痛”，是國賊董卓的死黨，即收捕下獄。蔡邕陳辭謝罪，請(qǐng)求免列，愿黥首刖足，在獄中繼續(xù)漢史的編修工作。太尉馬日磾和許多士大夫?yàn)椴嚏咔笄?，指出蔡邕是曠世奇才，素以忠孝著稱，不能隨便處死，應(yīng)讓他續(xù)修漢史，完成一代大典。王允認(rèn)為當(dāng)初武帝不殺司馬遷，至使司馬遷能作《史記》流傳后世，其中多有對(duì)皇帝不敬之詞，現(xiàn)在決不能讓蔡邕執(zhí)筆修史，使他能再作謗書，堅(jiān)持要?dú)⑺?。呂布受劉琦所托保全蔡邕，隨即站出來說蔡劉聯(lián)姻，而劉琦平定并州有功，如今又是兵多將廣，而王家又在劉琦治下的太原，不如賣劉琦一個(gè)面子，削去蔡邕官爵便好。王允三思后應(yīng)允，隨既將蔡邕削去官爵貶為庶民。當(dāng)夜史阿領(lǐng)人護(hù)送蔡邕逃出長安，北上上郡，逃往并州。